1958年，烟草所在益都农业试验站的基础上创立，在青州的46年间，烟草所从零开始，逐步构建起我国烟草农业科研体系，选育出一系列特色优质烤烟品种，完成了全国烟草品种资源收集鉴定、全国烟草种植区划等一系列重大基础科研工作，成为行业公认的金字招牌。

2004年，由于发展战略调整，烟草所科研主体迁移到青岛，青州所区从科技创新的主阵地成为保障事业发展的大后方。二十年来，烟草所以实施科技创新工程为契机，在做精做强烟草主业的基础上，加快向农业关键共性技术和功能农业、特色农业等领域拓展，组建成立了7支科研创新团队，布局形成了生物育种、绿色低碳、生物合成、风味品质、智慧农业等5大板块，并在高效基因编辑、全基因组模块化设计育种技术体系等领域取得了国际领先的技术和成果。目前，已获得国家级科技成果奖励13 项、省部级134项。

烟草所与青州的联系一直没有中断。青州市委、市政府时刻关注烟草所的发展情况，以感情为纽带，积极对接、全情服务。今年2月份，烟草所确立了“青州再出发、再发展”的战略，在青州市委、市政府的关心支持下，依托益都街道“金凤还巢”工程，潍坊农业绿色低碳技术创新中心项目落户青州。