秦统一六国后，设三十六郡，琅邪郡为其中之一，以琅邪县为治所。2008年至2009年，山东大学、原胶南市博物馆和芝加哥自然历史博物馆在琅琊镇和泊里镇之间调查到秦代遗存，推测为秦琅邪郡城所在。

　　自2019年以来，考古队对琅琊台周边开展了详细的区域系统调查及较全面的勘探，于琅琊台西北方向约5000米的今琅琊镇及其周围调查到秦汉时期遗存，采集到形制与琅琊台遗址形制相同的云纹瓦当。

　　调查还发现大量中小型墓葬。进一步验证了此处存在具备一定等级和规模的聚落遗址，其与琅琊台的相对位置和距离恰好符合张守节《正义》引《括地志》所云“密州诸城县百七十里有琅邪台……台西北十里有琅邪故城”。基本可以推定此“琅邪故城”（今琅琊镇）为秦琅邪郡城之所在。

　　据勘探，琅琊台与琅琊镇之间的古代海岸线较现代更为深入内陆，其间仅存在一南北向高地名季家岭，岭东配合工程发掘中发现秦汉时期道路，当为连接遗址与郡城之通道。

　　发现的战国时期建筑群或与齐国经营琅琊有关

　　琅琊台遗址新发现的一处战国建筑基址（“亭子兰”），位于“大台”东南方向，临近海岸，据台顶中心点约1100米。地势西北高、东南低，发现的遗迹主要有长廊建筑基址和院墙基槽等。

战国建筑基址（亭子兰地点）发掘区全景