随着东莞市工业化、城镇化进程加快，沿河两岸的生活污水和工业污水被肆意排入河道中，石马河水质遭到严重污染。

　　“当时老百姓没有环保的概念。厂子随便建，根本没有排污治污的意识。”郑铁钢告诉记者，也正是因为石马河的水质遭到严重污染，无法保证对香港供水的质量，才将东深供水工程改为封闭的专用管道输水。

　　2003年，石马河恢复为天然河道，并开展了水环境的治理。经过多年的治理，石马河流域治理取得初步成效，但由于涵盖区域范围广、涉及责任主体多，碎片化治理现象突出，治污科学性、系统性和长效性难以保障，水环境质量仍然较差，国控旗岭断面水质为劣V类，部分河涌处于黑臭状态。

　　“我家住在塘厦，2006年左右，我们坐校车去上学，路过石马河的时候都要把车窗关上，因为臭味很大。”东莞市运河治理中心、市水利学会秘书长赵伟良回忆道。

　　家住清溪镇的陈静也向记者讲述了她印象里的石马河。“以前的河水又黑又臭，两岸堆满垃圾，岸边还有违规养殖的。河里的鱼虾差不多都绝迹了，我们走到河边都得捂着鼻子走。”

　　石马河的治理已经迫在眉睫。2019年1月16日，中国电建生态公司中标东莞市石马河流域综合治理工程，中标金额约121.56亿元。治理工程包括干支流河涌107条，流域面积601平方公里，涉及7个镇街，总工期为60个月。