《报告》显示，牛轭礁珊瑚礁生态系统总体健康，造礁石珊瑚覆盖率高，平均为37.7%，分布有造礁石珊瑚14科46属172种，占整个南沙群岛已记录造礁石珊瑚种类数的46.6%，形态以分枝状为主，珊瑚礁鱼类种类较丰富，发现较多甲壳类、双壳类、腹足类大型底栖无脊椎动物，其中75.0%的站位发现砗磲，现场调查发现被世界自然保护联盟列为易危物种的阿氏前口蝠鲼，礁区生境质量良好。

　　同时，牛轭礁珊瑚礁生态系统受到季节性零星珊瑚热白化和人类活动的胁迫性影响，各站位均存在珊瑚白化现象，礁坪区域有大片珊瑚低潮时出露海面并有少量珊瑚白化；周边海域发现渔船活动，在相关调查站位发现有渔线、渔网等人为弃置物；2016—2024年，牛轭礁礁盘造礁石珊瑚覆盖面积总体呈缓慢下降趋势。