退役后的赖亚文于1999年出任中国女排助理教练，先后辅佐陈忠和、郎平等五任国家队主帅，成为中国女排的“五朝元老”。在辅佐陈忠和期间，参与“黄金一代”打造，助力中国女排在2003年世界杯时隔17年重夺三大赛冠军。2004年雅典奥运会中国女排摘得金牌。2013年郎平执教中国女排，赖亚文作为昔日队友成为郎平最得力的助手。赖亚文在队中有“知心姐姐”的美称，关心队员的生活与心理状态，成为队员们的倾诉对象。中国女排在2016年里约奥运会时隔12年再夺奥运金牌，重回世界之巅。

　　2017年赖亚文升任国家体育总局排球运动管理中心副主任，2023年出任中心主任并兼任中心党委书记。在担任排球管理中心负责人期间，赖亚文推出多项重磅改革与创新举措。在国家队建设上，她推动男女排齐头并进，提升整体竞争力。男排推行“请进来、走出去”双向战略，聘请外教担任国家队和青年队主教练，同时鼓励优秀球员海外历练。目前已有21名球员征战海外联赛，积累国际赛事经验。

　　这期间中国成功申办2024年国际排联男排挑战者杯和2025年世界男排联赛分站赛及总决赛。为中国男排创造主场练兵机会，助力中国男排夺得挑战者杯冠军，重返世界联赛。对女排赖亚文始终强调传承“女排精神”，在巴黎奥运周期提出冲击最高领奖台的目标。

　　洛杉矶周期赖亚文推动中国女排加速新老交替、打造快速多变战术体系的发展方向。包括张籽萱，董禹含等多位国青队，国少队新锐进入国家队，与中国女排老将一起撑起新局面。