而哈佛作为美国最古老、最富有的大学，在这场学术自由与政治权力的“对决”中，顶在了火力的“最前方”。

　　3月底，打击反犹主义联合工作组表示将审查拨给哈佛大学及其附属机构的约90亿美元联邦资金。

　　4月11日，美国政府官员致信哈佛大学，要求学校进行“有意义的治理改革与重组”，否则联邦资金将被削减。

　　4月14日，哈佛大学拒绝了政府的要求。美国政府随即宣布，将冻结对该校总额22亿美元的多年期拨款以及6000万美元的多年期合同款项。

　　4月21日，哈佛大学将美国政府告上法庭，指控政府试图以冻结联邦资金为手段操纵哈佛大学的学术决策。

　　5月5日，美国教育部长琳达·麦克马洪表示，哈佛大学未能按照此前联邦政府提出的要求进行改革，联邦政府将不再对其提供新的资助。

　　5月12日，哈佛大学校长艾伦·迈克尔·加伯发表公开信回应美国政府所作指认，称哈佛不在民主党和共和党之间“站队”，已采取措施根除校园中的反犹主义。他表示，哈佛遵守法律，而政府试图控制哈佛基础运营的一系列举措违法。

　　5月13日，美国政府宣布，将在先前冻结对哈佛大学的22亿美元多年期拨款基础上，再取消4.5亿美元拨款。紧接着，哈佛大学向法院提交新的诉讼要求。

　　5月22日，美国土安全部以哈佛大学“纵容反犹主义”“不配合调查”等为由，取消其“学生和交流访问学者项目”（SEVP）认证，彻底将双方矛盾推至顶点。