彼时公立中医院校凤毛麟角，学医唯有拜师一途。1956年，黑龙江首个公立中医专业于牡丹江卫生学校设立，休学养病期间自学完初中全部课程的孙申田以同等学力报考，以优异成绩被录取。此后，三年中专升格为黑龙江中医学院，学制延为五年，他成为中医学院第一期学生。1961年毕业留校，自此孙申田扎根杏林，开启了长达六十余年的行医传道之路。

　　1963年，孙申田赴天津中医学院（现天津中医药大学）针灸科进修，师从针灸名家于伯泉、曹一鸣。“不做徒手门户的粗工和书本的奴隶”——于伯泉告诫学生的话语时至今日仍然给孙申田很深的影响。他每读经典时都坚持将各家所长反复细心实践于临床，并总结出自己的见解，既博采众长又独树一帜。

　　年少病痛的亲身经历，是孙申田与中医结缘的起点，也让他早早读懂病患苦楚，更埋下兼容并蓄、不囿古法的治学初心，终其一生保持着对医学新知的求索热忱。

　　融汇中西，拓针术新境

　　“针灸科在门诊中似乎只是一个服务性的科室。”孙申田在黑龙江中医学院附属医院（现黑龙江中医药大学附属第一医院）工作一段时间后发现了这个现实情况，他说，古代名医的针灸水平都很高，他们在临床中都采用了针灸疗法。当时的他暗自立志：提升针灸在临床体系中的学术地位。

　　更重要的是，他敏锐洞察到制约中医药走向世界的瓶颈所在——诸多千年传承的中医疗法在临床实践中疗效确凿，却缺少现代科学理论支撑。砒霜治白血病、针刺镇痛、青蒿素研发……中医药重大转化成果莫不依托现代医学方法才得以被世界认可。这坚定了孙申田“中医必学西医，两套医术并行”的治学理念。