第二章保护与管理。规定了大运河文化遗产保护实行动态名录管理和专家咨询制度，建立预保护制度，明确了大运河物质文化遗产保护范围、建设控制地带、滨河生态空间、核心监控区的划定和管控要求，列举了具体的禁止行为。细化了城乡水务、生态环境、交通运输、自然资源和规划、文化和旅游等部门在河道管理、水资源调度、水工程维护、生态保护修复、非物质文化遗产保护、联合执法等方面的职责。

　　第三章传承与利用。要求政府及有关部门深入挖掘和弘扬大运河文化价值和精神内涵，依托大运河沿线的博物馆、展览馆等展示宣传大运河文化。加强数字化、信息化、智能化建设，运用人工智能等数字化手段创新活化利用模式。支持传统港口向绿色智慧港口升级改造，加强临港产业规划，推动港口、物流、产业协同发展。通过旅游资源开发、红色教育、文艺创作、学术交流、非遗传承等多种方式合理利用大运河文化遗产，并与文化遗产承载力相适应。

　　第四章法律责任。规定了损毁保护标志和界桩的行政处罚，以及单位及其公职人员失职渎职的责任追究等内容。

　　第五章附则。规定了《条例》的施行时间。