2013年，孙正军调任临淄一中校长。基于对传统文化的爱好，孙正军在征集师生意见的基础上，明确提出了“站在传统的肩膀上”“从传统中凝练新智”的学校发展策略。他认为，“教育是文化的事业。中华优秀传统文化是中华民族的根和魂，是现代学校教育的源和本。”在他的带动下，临淄一中逐步形成了“三进深、三主题”的齐文化特色校园。校园里还有“四季”“八景”等景观，师生常常流连其间，触景生情，时有吟咏。孙正军还主编并出版《稷下人物故事选粹》《徜徉在齐韵校园》《初中生涯如四季》等齐文化读本，主持了“开发齐文化课程，提升初中生现代素养的行动研究”课题。

　　孙正军希望每一个学生在现代学校教育中都能够“健康个性”地成长，希望每一个学生都能够具备家国情怀、规则意识、未来眼光。为实现这一理想目标，孙正军在抓常规、重常态的基础上，鼓励学校和老师们能“从常态中寻求改变”。他在学校成立了学生成长指导中心，对学生进行积极情绪引导、道德法治教育、行为偏差矫正、生涯规划设计，给了学生一个健康成长的“精神家园”。