1998年是绿党历史上的一块里程碑。时任德国总理施罗德任命费舍尔为外交部长，绿党首次在联邦政治层面从幕后走到台前。这一时间段内，绿党主导推进了退核、引入环保税等几个大项目，同时也开始学着与其他政治伙伴合作，做出权衡与妥协。“现实主义”阵营和“原教旨主义”阵营间最大的冲突就爆发在北约向科索沃派驻军队的讨论中。1999年，在北约授权的框架下，费舍尔力主支持德国联邦国防军进入科索沃，这也是二战以来德国国防军首次在海外执行战斗任务。

　　“原教旨主义”阵营认为，这是对绿党最初的和平主义纲领的巨大背叛，应该坚决反对任何军事部署，并称费舍尔为“绿党叛徒”。费舍尔在议院发表讲话为该决定正名时，被本党“原教旨主义”阵营扔出的一包颜料击中头部，不得不接受治疗。随后，党内发起了反对动议提案，近千人参与投票，“现实主义”阵营以不大的优势获得主导权，导致几千人退党。党内裂痕贯穿了绿党参与施罗德政府执政的整整七年，影响波及内政外交的方方面面：“现实主义”派在与社民党和能源公司谈判后，推动了到2022年逐步淘汰核能的计划，而“原教旨主义”派则要求毫不妥协立刻退出。