基础研究显示，连花清瘟具有广谱抗病毒、抑菌抗炎、退热、调节免疫作用，对引起普通感冒的副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒等多种病毒均有抑制作用；连花清瘟对甲型流感病毒（H1N1、H3N2等）、乙型流感病毒等多种流感病毒具有抑制作用；连花清瘟可显著抑制新冠病毒活性。

　　临床研究显示连花清瘟治疗流感安全有效。“连花清瘟胶囊治疗甲型H1N1流行性感冒”的循证医学研究显示，连花清瘟明显提高证候疗效和体温疗效显效率，明显减轻咽干咽痛、肌肉酸痛、咳嗽等症状，缩短发热起效时间，提高体温复常率。“中药连花清瘟治疗流行性感冒研究”2011年荣获国家科技进步二等奖。

　　针对新冠患者的治疗，发表在国际期刊《植物医学》的一篇论文显示，连花清瘟能够提高新冠患者的发热、乏力、咳嗽症状消失率，缩短症状持续时间，提高肺部CT好转比例和临床治愈率，降低转重症比例。另一项连花清瘟治疗新冠病毒感染随机、双盲、国际多中心临床研究表明：与对照组相比，连花清瘟治疗组可以显著改善新冠病毒感染临床症状，缩短轻中度新冠病毒感染患者的康复，并且拥有良好的安全性，未发现与药物相关的不良反应。连花清瘟被列入卫健委《新冠病毒感染者居家治疗指南》《新型冠状病毒感染诊疗方案》《新型冠状病毒感染基层诊疗和服务指南（第一版）》等多个诊疗方案和指南。