2012年，学校响应聊城“江北水城 运河古都”城市品牌创建成立运河学研究院。随着大运河文化带建设上升为国家战略，运河研究院的学术文化支撑作用对聊城市的运河城市定位愈加重要，研究院目前已经建成了全国唯一的“中国运河文献数据库”“运河民间文献数据库”，并以深厚扎实的学术研究为依托，每年发布《中国大运河蓝皮书》《中国大运河年鉴》，承担聊城中国运河文化博物馆改造提升展览大纲设计，编制山东省、聊城市大运河国家文化公园建设保护规划方案，以及聊城市大运河国家文化公园样板工程规划与建设方案等，为聊城市文旅发展决策提供咨询和参考。

　　2019年，聊城被列入黄河流域生态保护和高质量发展国家战略后，聊城大学立即成立黄河学研究院，组建跨学科、跨学院研究团队，依托聊城发展研究院、聊城绿色化工产业发展研究院等十余个相关科研平台，聚焦黄河流域特别是生态保护与产业发展现实问题，开展对黄河的综合研究、协同研究。研究院发布黄河流域产业质量指数蓝皮书，为山东及聊城黄河流域发展实践提供决策依据；编写鲁西黄河文化、黄河精神课程教材，构建黄河文化、黄河精神区域特色课程群；搭建多个省级平台相擎架的“非遗”平台群落，建立“非遗”传承基地，承担“非遗”传承人培训计划，传承弘扬活化鲁西黄河文化。2022年12月，学校黄河学研究院获批山东省高校服务黄河重大国家战略项目。