自孔子去世到南北朝时期,曲阜孔庙规模没有大的变化。东汉永兴元年(153年),桓帝下令修建曲阜孔庙,“立碑于庙”。永寿二年(156年),鲁相韩敕“修饰孔庙”。黄初二年(221年),曹丕又下诏在鲁郡“修起旧庙”。西晋末年,“庙貌荒残”,东晋以后,更是庭院寥落。东魏兴和元年(539年)曾修缮孔庙,庙中雕塑了孔子圣像,旁边塑起十位弟子像,是为曲阜孔庙有塑像之始。

　　唐宋时期,曲阜孔庙修建了十余次。唐朝初年,唐高祖诏令国子监设立孔庙,随后,太宗李世民又下令,除了在全国的最高学府国子监修建周公、孔庙外,各州、县也必须建孔庙,以尊崇孔子,促进教化。这样孔庙就成为全国分布最广的礼制庙宇。此时,曲阜孔庙规模也不断扩大,正殿、两庑等建筑达30余间。宋真宗天禧二年(1018年)又大修曲阜孔庙,据记载,当时增建殿堂廊庑316间。

　　金、元时期,曲阜孔庙曾多次修建,但现存规模宏大的孔庙建筑群其实是明清时期完成的。明代共重修、扩建孔庙21次,是历史上重建次数最多的朝代。最大的一次修建自明弘治十二年(1499年)开始。当时,孔庙遭遇雷击,大成殿等120余间主要建筑化为灰烬。明孝宗下令重修孔庙,前后共花费白银15.2万两,耗时五年才最终完成,这也奠定了现存曲阜孔庙的规模。

　　清朝共修缮曲阜孔庙14次,规模最大的一次始于雍正二年(1724年)。那年,孔庙又遇雷火,清帝亲自祭祀孔子,命令重修孔庙。清廷拨付国库银两按皇宫规格重建,并派大臣到曲阜监督,要求所有工程及祭器仪物都要绘成图纸,皇帝亲自过目督办。此次重修历时六年,耗银15.7万两。重建的曲阜孔庙气象宏大,规格完备、焕然一新。