按照以色列国防军的估计，冲突开始前，伊朗库存的弹道导弹数量约为2000枚。13日发起突袭时，以军袭击了克尔曼沙赫等地的伊朗地下导弹基地，摧毁了数目不详的导弹。此后，伊朗在首轮反击中发射了约200枚导弹，之后的攻击规模则迅速下降，每日多则40枚左右，少则十几枚。这些导弹中，约有10％能突破以色列及美军防空系统的拦截。

　　到6月21日时，据以方预估，伊朗方面仍拥有约1200枚导弹。虽然为避免被以色列摧毁更多发射车，伊朗军队每日发射数量都保持在低位，但这意味着其仍有能力坚持较长时间。而据以色列媒体报道，以军拦截弹道导弹的关键装备是“箭-3”防空系统，成本高达每枚350万美元。

　　有美国官员在19日对媒体透露，考虑到成本和库存，以色列最有效的反导拦截体系还能维持约两周时间，在此之后以军需要依赖能力稍差但成本更低的“箭-2”“铁穹”等其他系统。这些武器更适合拦截无人机、火箭弹而非弹道导弹。

　　列维指出，以伊双方在这场冲突中比拼的，就是谁能给对方造成“更多的痛苦”。英国智库国际战略研究所（IISS）导弹分析师法比安·欣茨指出，以色列的人口中心及基础设施，设防远不如军事基地，而其受损对社会信心的打击极大，当伊朗选择这种策略，局面“可能对伊朗有利”。

　　6月19日到21日，特朗普密集听取关于以伊战况的简报，多次在战情室召开会议。在他面前摆着两个选择：第一，命令美军全面加入战争，从而彻底扭转以色列面临的不利局面，甚至“斩首”伊朗最高领袖哈梅内伊，让伊朗陷入全面动荡和崩溃；第二，则是推动以色列和伊朗双双同意停火，从而结束战争。