1905年，按照清政府统一要求，济南商会公所正式改组为山东济南商务总会，俗称“城里商会”，管辖老城区传统工商业。1911年，商埠区工商业规模日益壮大，山东济南商埠商务分会应运而生，俗称“商埠商会”。

　　至此，济南形成“一城两商会”的独特格局，这在中国商会史上极为罕见。新商埠区域内行政、规划、管理自成一体，两商会各有独立的办公地点、经费来源、管辖区域，但人员构成有很大重合性，投资重点不受地域和行业限制。因此两者在政治、经济活动上默契度很高，相互联系、互为支撑，在重大事件中也基本保持步调一致。

　　早期的济南商会带有浓厚的官督色彩。1908年，主管实业的政府部门济南劝业道设立，道员萧应椿出任商务总会总办，在籍绅士江苏候补道汪懋琨任总理，瑞蚨祥经理孟洛川任协理。

　　但这并不影响商会的民间属性。“济南商会在经费方面完全秉承‘取之于商，用之于商’的原则，不与官府发生任何联系”，济南大学政法学院教授崔恒展指出，商会会费依资本额分级征收，开支预决算向会员公开并报官府备案，经济上的独立保证了其立场独立。

　　伴随津浦铁路全线贯通，济南商业规模呈爆发式增长，经济力量的崛起催生政治诉求。1912年，两个商会分别举行换届选举，大有银号领事石丕绪当选商务总会总理，福德栈经理朱璧斋当选商埠分会会长，传统官办色彩褪去。

　　1932年，城里商会、商埠商会与泺口镇商会分会合并为济南市商会，统一的工商组织体系形成。直至1949年，济南市工商业联合会筹备委员会成立，存续近半个世纪的济南商会，最终完成了历史使命。

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