1938年秋，金方昌被派到城南赵家湾区担任区委书记。他经常头缠白毛巾，白天帮老乡放羊、打柴、种地，晚上走家串户宣传党的抗日救国方针政策，得到了群众信任和赞扬，都亲切地叫他“我们的小金同志”。1939年冬，金方昌到抗日形势最严峻的城关一区任区委书记。次年初，又任中共代县县委委员、宣传部长兼一区区委书记。金方昌白天带领群众务农，晚上带领民兵割电线、埋地雷，骚扰敌人据点。百团大战期间，给部队送粮。山高路远，金方昌负责的一区条件尤其艰难。但每次送粮任务完成的都很好。1940年8月24日，金方昌在写给金默生的信中说：“在代县开辟工作的经验就是，改善人民生活是发动基本群众抗日积极性的有力武器。边区的每一个角落都轰轰烈烈地开展着民主运动，我们都亲身尝到新民主主义的味道，谁说老百姓不懂民主？谁说老百姓不管国家大事？叫他来晋察冀看一看，这里的区代表、县议员不是老百姓选的吗？”此时，金方昌已经是一个坚定的共产主义者了。

　　1940年11月，日军对晋察冀边区发动大规模“扫荡”。金方昌奉命督运公粮。22日夜，他与区自卫队队长周致远等5人在大西庄村西山洞休息时，因汉奸告密，遭200余名日伪军包围。他接连击毙两个敌人后，和周致远边打边向村北撤退。子弹用尽，他便将手枪和随身携带的文件埋在路旁的沟里。敌人蜂拥而上，金方昌不幸被俘。