在肿瘤专病中，流行病学数据显示，咖啡饮用与多种癌症风险降低相关，尤其是在消化系统肿瘤中。每天饮用3-4杯含咖啡因的咖啡与下咽癌风险降低41%有关；而即使饮用不含咖啡因的咖啡，也能带来一些好处，可使口腔癌风险降低25%。在结直肠肿瘤中，咖啡消费量增加与癌症进展风险降低相关，每天喝2-3杯咖啡的总生存期优于完全不喝咖啡的患者，饮用咖啡可能与晚期或转移性结直肠癌患者疾病进展和死亡风险降低有关。肝脏是咖啡代谢的重要器官，研究显示咖啡能显著改善肝脂肪堆积和纤维化的情况，降低肝硬化和肝癌风险。每天饮用3杯以上咖啡的人群，肝硬化风险降低约40%。一项涵盖225万人的大型研究发现，每天饮用1-5杯咖啡可使原发性肝癌风险降低20%～50%。

　　在女性肿瘤中也有关于咖啡的研究。咖啡中的多酚类物质可能通过调节胰岛素敏感性，降低肥胖相关激素水平，从而减少子宫内膜癌风险。一项子宫内膜癌队列研究表明，咖啡摄入量与子宫内膜癌风险呈负相关，每日饮用咖啡可使风险降低约20%。美国癌症协会数据显示，每天饮用4杯咖啡的女性，子宫内膜癌风险下降约25%。瑞典一项针对绝经期女性的研究发现，每日饮用5杯以上咖啡可使雌激素受体（ER）阴性乳腺癌发病率降低57%。但咖啡对ER阳性乳腺癌的保护作用尚不明确，可能与咖啡调节雌激素代谢的复杂性有关。

　　咖啡对皮肤癌也有一定作用，研究显示，含咖啡因的咖啡能够预防基底细胞癌和黑色素瘤，这可能与咖啡因的抗氧化及抗炎特性有关。