在2014年9月安倍晋三对内阁进行改组之际，两人间的矛盾再次显现。安倍为精通安保政策的石破茂量身打造了“安全保障法制大臣”一职，希望石破茂能全权负责安保法案的制定和推进。当时石破茂以两人在安保观念上存在分歧为由，拒绝了安倍的安排。此后，安倍又为石破茂提供了另一新设职位“地方创生大臣”。迫于党内压力，石破茂接受了该职位。

　　尽管被调离中枢，但石破茂也借地方创生大臣职务之便，深入基层。在两年多时间里，石破茂跑了300多个市町村，听取地方的声音。2016年卸任后，他将对地方振兴的看法著成《日本列岛创生论》一书，在日本颇有影响力。

　　为了培养在国会的势力、为总裁选举做准备，2015年9月，多次声称反对派阀政治、绝不拉帮结派的石破茂，组建了“水月会”（石破派）。自民党前总务会长笹川尧对日本《东洋经济》杂志分析说，石破茂之所以在国会议员的决选投票中输给安倍，就是因为没有派系，“他不做也做不了筹钱和分钱的事”。

　　到2018年，因为森友学园和加计学园丑闻，安倍内阁的支持率大降。石破茂第三次在总裁选举中挑战安倍晋三。离开安倍内阁后，石破茂时常透过媒体对自民党和安倍的政策发出尖锐批评。在安倍阵营的议员看来，石破茂对安倍的批评“比在野党还在野党”。尽管负面新闻缠身，安倍在党内的地位仍十分稳固。反观石破茂，收揽地方票的能力依然强劲，但在国会还是缺少朋友，最终只获得了“水月会”成员和“平成研究会”（茂木派）的参议员的支持。