此阶段可界定为中华文明的初步发展期。此时，中华文明从二次大洪水劫难后的萌芽走向初步发展，农业生产技术得到一定程度的提升，社会组织结构开始逐渐显现。在全球文明框架下，各地文明也在应对气候挑战中不断调整发展，而中华文明在农业与社会结构方面的发展成果处于世界较为先进水平，不同区域文明发展各有特色又相互影响，人们的行为和思想不同程度地显示出文明对其的影响。

　　5500年前降温期：第三次大洪水的冲刷与文明崛起

　　大约在距今5500年后的200年至300年内，中华文明再度面临严峻考验：突如其来的剧烈降温与汹涌洪水交织而至，对文明的存续与发展构成巨大威胁，而这一系列灾变的成因至今尚无定论。中国科学院地球环境研究所谭亮成研究员团队通过石笋记录研究发现，这一时期东亚季风减弱，引发了持续干旱；南京大学地理与海洋科学学院汪永进教授团队的研究则表明，此后骤增的降雨又诱发了大规模洪水。试想，长期干旱已让土地龟裂、作物枯萎，先民们深陷生存困境，人口大量减少；紧接着，连日暴雨倾盆而下，洪水如猛兽般咆哮奔涌，再一次又淹没了村庄与聚落，冲毁了道路和桥梁——这场接踵而至的灾难，对各地已然成型的农业文明又造成毁灭性打击。面对如此巨灾，先民们纵然奋力抗争，终究无力回天。洪水无情冲刷着他们历经两千多年构筑的文明成果，人和动、植物都遭受灭顶之灾，文明的火种再一次受到大自然的摧残，却也为后世留下了众多镌刻着历史印记的考古遗址。